關于社會保險金的訴訟時效問題

我有個朋友離職了，因為她們公司是按照平均工資繳納社會保險金的，所以她向勞動仲裁提出補繳的申請，可是她的提出申請時間超過了60天，所以仲裁沒有受理，讓她去法院起訴。
但是法院受理后，開庭竟然說我朋友的申請超過60天時效，不能使用民事訴訟的時效，這樣是否超過60天后哪怕上法院也不能獲得相關的賠償？那作為勞動者可以用什么方式獲取自己的利益呢？現在她還要去起訴單位欠她的工資，她擔心不會也說她超過時效吧，我覺得法律應該多保護弱勢群體，單位總不見的超過60天就什么責任都沒有了阿！
希望有關法律人士給與一定的建議！謝謝

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